1. Vierte la harina, la sal y la levadura en un bol. Agrega el agua, la cucharada de aceite y mezcla hasta obtener una masa suave. Volca la masa sobre una superficie ligeramente enharinada y amasa durante 5 minutos hasta que la masa esté suave y ya no se pegue.
2. Regresa la masa al bol, cúbrelo con film transparente o un paño húmedo y déjala reposar durante 45 minutos a 1¼ horas o hasta que la masa recupere su forma cuando se presione. No te preocupes demasiado si lleva más o menos tiempo, no es crítico para esta receta tan relajada.
3. Mientras la masa está subiendo, calienta el aceite en una sartén grande y profunda, añade las cebollas y fríelas suavemente durante unos 10 minutos hasta que estén suaves pero no doradas, revolviendo de vez en cuando.
4. Espolvorea el tomillo, un poco de sal y pimienta, luego agrega los tomates y revuelve bien. Cubre y cocina a fuego lento durante 45 minutos hasta que las cebollas estén muy suaves, revolviendo ocasionalmente y retirando la tapa durante los últimos 10 minutos para reducir cualquier líquido. Retira del fuego y deja enfriar ligeramente.
5. Precalienta el horno a 220 ºC. Engrasa ligeramente un molde para hornear poco profundo de 23×33 cm. Amasa brevemente la masa nuevamente, luego estírala y presiónala en el molde. No la dejes subir de nuevo.
6. Extiende la mezcla de cebolla sobre la masa, luego coloca las anchoas encima, formando un patrón de rejilla. Decora cada espacio entre las anchoas con una aceituna y hornea durante 25-30 minutos hasta que esté dorado. Sirve caliente, frío o recalentado, cortado en cuadrados.